Hola!
Mira, si no llevas mucho equipaje tomas el metro en Barajas y bajas en Atocha, en la estación de trenes o de autobuses (creo que se llaman RES) pero no sé en qué estación de metro están.
Si llevas más equipaje como para no moverte en Metro, toma un autobus que va de Barajas a Madrid y la última parada es en la Plaza Colón, de ahí ya puedes moverte en taxi al tren o al autobus.
Parece ser que el autobus es más barato que el tren y hacen casi el mismo tiempo.
Espero que te sea útil esta información.
p.d. No recuerdo precios porque la última vez que estuve fue hace un añito.