Según mi experiencia con Ryanair, al comprar un billete por internet y hacer el check online, te piden el DNI o en su defecto el Pasaporte. Posiblemente el error ha sido tuyo al introducir el NIE como DNI o Pasaporte, cuando éste es en realidad otro tipo de documento que acredita más el hecho ser residente en un país y no el país del que procedes. Míratelo bien. Si aceptaran NIE te hubieran dejado embarcar. Ryanair son muy suyos y por un fallo tan tonto como equivocarte al introducir mal un número de tu dni en los datos del pasajero, ya no te dejan subir al avión. Su solución es un cambio de nombre por el que te cobran 100 euros.
Que acepten o no tu NIE al sacar el billete online, no lo doy por seguro, pero sí que he oído que no te dejan viajar con el mismo, pero sí con tu carnet de conducir.
Sobre Ryanair hay muchisimos foros con quejas. Pero también tengo que añadir que no se puede pretender obtener los mismos servicios de una compañía low cost, que de otra de nivel como Lufthansa.
Hay que leerse bien las condiciones antes de aceptarlas. Yo he viajado mucho con Ryanair y nunca he tenido ningun problema.
Sinceramente, y no es por desanimarte, pero no creo que consigas nada quejándote a la OCU ni poniendo ninguna demanda.
Ya me dirás que tal te va si te animas a hacerlo